अल सफ़्लिएनी हाइपोगियम (ĦalSaflieni Hypogeum)वास्तव में प्राचीन है क्योंकि इसका निर्माण लगभग 3500 ईसा पूर्व में शुरू हुआ।यह प्रागैतिहासिक काल का एक मात्र ऐसा मंदिर है,जो भूमिगत है।अपने इतिहास में यह नक्काशीदार स्थान विभिन्न प्रकार से उपयोग किया गया है,जिसे अतीत के किसी बिंदु पर क़ब्रिस्तान में बदल दिया गया।हाइपोगियम तीन स्तरों पर प्राकृतिक गुफाओं और उत्खनन का मिश्रण है।दीवारों को सुचारू रूप से उकेरा गया है औरइन पर उन संरचनाओं के प्रतिबिम्ब है,जो माल्टा (Malta) पर जमीन के ऊपर कहीं पर भी मौजूद हैं।एक 'बोलने वाला कक्ष', दीवार में उकेरा गया खोखला स्थान, इसमें बोली जाने वाली किसी भी चीज़ को पूरे हाइपोगियम में प्रतिध्वनित करने की अनुमति देते हैं।छत पर मौजूद गेरू चित्रों से संबंधित संरक्षण कारणों से, यहां की यात्रा करना मुश्किल हो सकता है।यहां प्रति दिन केवल 80 लोगों को ही प्रवेश की अनुमति दी जाती है। हाइपोगियम की खोज 1902 में एक दुर्घटना से हुई थी, जब श्रमिक नए आवास विकास के लिए हौज काट रहे थे। मजदूरों ने पहले तो मंदिर को छिपाने की कोशिश की, लेकिन आखिरकार वह मिल गया। संरचना का अध्ययन सबसे पहले मैनुअल मागरी (Manuel Magri) द्वारा किया गया था, जिन्होंनेनवंबर 1903 से संग्रहालय समिति की ओर से खुदाई का निर्देश दिया था। खुदाई के दौरान, हाइपोगियम की सामग्री का एक हिस्सा, जिसमें कब्र के सामान और मानव अवशेष शामिल थे, खाली कर दिए गए और ठीक से सूचीबद्ध किए बिना हटा दिए गए। 1907 में ट्यूनीशिया (Tunisia) में मिशनरी कार्य करते समय मागरी की मृत्यु हो गई और हाइपोगियम पर बनाई गई उनकी रिपोर्ट भी कहीं खो गई।