सिंधु घाटी की सभ्यता की पुरातात्विक खोज के दौरान प्राप्‍त मुहरों के छापों, मिट्टी के बर्तनों, कांस्य के औजारों, चूड़ियों, हड्डियों, गोले, सीढ़ी, हाथी दांत, कांस्य और तांबे से बनी छोटी गोलियों आदि में छोटे-छोटे संकेतों को अंकित किया गया है। इन संकेतों के समूह को सिन्धु लिपि (Indus script) कहते हैं। इसे सैंधवी लिपि और हड़प्पा लिपि भी कहा जाता है। हमें सिंधु लिपि के प्रारंभिक संकेत राव और कोट दीजी में हड़प्पा (सी। 3500-2700 ईसा पूर्व) खुदाई के दौरान प्राप्त बर्तनों से मिले हैं। इन मिट्टी के बर्तनों की सतह पर केवल एक चिन्ह प्रदर्शित किया गया था। जो कि सिंधु लिपि के विकास के पहले चरण का प्रतिनिधित्व करता है।
शिलालेख की उत्‍पत्ति के बाद इसका पूर्ण विकास शहरी अवधि (सी। 2600-1900 ईसा पूर्व) के दौरान हुआ था। इस लिपि ने सिन्धु सभ्यता के समय (26वीं शताब्दी ईसापूर्व से 20वीं शताब्दी ईसापूर्व तक) परिपक्व रूप धारण किया। सिंधु लिपि पर वर्षों से कई संस्‍थाएं एवं शोधकर्ता अध्‍ययन कर रहे हैं, किंतु विश्‍व की इस सबसे प्राचीन लेखन प्रणाली को पढ़ने में अभी तक कोई सफल नहीं हुआ है। इसका पहला कारण है कि हम यह नहीं जानते कि सिंधु सभ्यता में कौन की भाषा बोली जाती थी। दूसरा, हमें यह भी नहीं मालूम कि सिंधु संकेत भाषाई थे भी या नहीं. उससे सम्बन्धित भाषा अज्ञात है इसलिये इस लिपि को समझने में कठिनाई आ रही है। एस्को परपोला (Asko Parpola) फिनलैंड (Finland) के हेलसिंकी (Helsinki) विश्वविद्यालय में 40 वर्षों से अधिक समय से इस अनिर्दिष्ट लेखन का अध्ययन कर रहे हैं। यह भारत (India) और पाकिस्तान (Pakistan) से प्राप्‍त सभी मुहरों और शिलालेखों के संग्रह के सह-संपादक हैं। अब तक 1400 से अधिक सिंधु घाटी सभ्यता स्थलों की खोज की जा चुकि है, जिनमें से 925 स्थल भारत में और 475 स्थल पाकिस्तान में हैं, जबकि अफगानिस्तान (Afghanistan) में कुछ स्थलों को व्यापारिक उपनिवेश माना जाता है। सिंधु और उसकी सहायक नदियों पर केवल 40 साइटें (sites) स्थित हैं और लगभग 1,100 साइटें जो 80% साइटें गंगा और सिंधु नदियों के बीच के मैदानों में स्थित हैं। सिंधु घाटी सभ्यता का सबसे पुराना स्थल, भिराना और सबसे बड़ा स्थल, राखीगढ़ी भारत के हरियाणा राज्य में स्थित हैं। हड़प्पा लिपि (सिन्धु लिपि) का सर्वाधिक पुराना नमूना 1853 ई। में मिला था भारत में लेखन 3300 ई।पू। का है। सबसे पहले की लिपि सिन्धु लिपि थी, उसके पश्चात ब्राह्मी लिपि आई। हड़प्पा की पहली मुहर की खोज 1875 में अलेक्जेंडर कनिंघम (Alexander Cunningham) द्वारा की गयी थी। अब तक लगभग 4,000 से अधिक अंकित वस्तुओं की खोज की जा चुकी है, जिनमें से कुछ सिन्धु-मेसोपोटामिया संबंधों को प्रदर्शित करती हैं। 1970 के दशक की शुरुआत में, इरावाथम महादेवन ने विशिष्ट पैटर्न (specific patterns) में 3,700 मुहरों और 417 अलग-अलग संकेतों को सूचीबद्ध करने वाले सिंधु शिलालेखों के एक कोष को प्रकाशित किया। उन्होंने पाया कि औसत शिलालेख में पांच प्रतीक थे और सबसे लंबे शिलालेख में केवल 26 प्रतीक थे। कुछ विद्वान, जैसे जी।आर। हंटर, एस। आर। राव, जॉन न्यूबेरी और कृष्णा राव ने तर्क दिया है कि ब्राह्मी लिपि काफी हद तक सिंधु प्रणाली से मेल खाती है। हाल ही में पालग्रेव कम्युनिकेशन (Palgrave Communications ), एक शोध पत्र ने दावा किया कि सिंधु घाटी से प्राप्‍त अधिकांश शिलालेखों को शब्‍द चिन्‍हों में लिखा गया था न कि फोनॉगोग्राम्स (Phonograms) (उच्चारित ध्वनि की इकाई) का उपयोग कर के। सिंधु शिलालेख सिंधु घाटी सभ्यता की सबसे गूढ़ विरासतों में से एक हैं, जो द्विभाषी ग्रंथों की अनुपस्थिति, शिलालेखों की अत्यधिक संक्षिप्तता, और भाषा के बारे में अज्ञानता के कारण अभी तक पढ़े नहीं जा सके हैं। मेरठ जिले के आलमगीरपुर में उत्खनन के माध्यम से कई सिंधु घाटी की कलाकृतियाँ पाई गई हैं, इसके अलावा इस क्षेत्र में ब्राह्मी लिपि के कई शिलालेख और फ़र्मान भी मिले हैं। इसके अक्षर बड़े पैमाने पर सचित्र हैं, लेकिन कई निराकार संकेत भी शामिल हैं। वे कभी-कभी बैस्ट्रोफेडोनिक शैली (Bastrophedonic Style) का प्रयोग भी करते थे। इसमें प्रमुख संकेतों की संख्या लगभग 400 है। चूँकि प्रत्येक वर्ण के लिए फ़ोनोग्राम की बहुत बड़ी संख्या मानी जाती है, इस लिपि को सामान्‍यत: लोगो-शब्दांश (Logo syllable) माना जाता है। हालाँकि, चूंकि इन सभी चिह्नों का उपयोग मुहरों पर किया गया है, जो मिट्टी या सिरेमिक (Ceramic) पर एक दर्पण छवि पर छापी गयी थी, मुहर पर लेखन को उकेरा गया था। इसलिए, यह नहीं माना जा सकता है कि भाषा स्वयं दाएं से बाएं लिखी गई थी। सुप्रसिद्ध पुरालेखवेत्ता सुश्री मुखोपाध्याय ने और सिंधु विद्वान इरावाथम महादेवन द्वारा संकलित सिंधु शिलालेख के डिजिटाइज्ड कॉर्पस (digitized corpus) का उपयोग किया। उसने कम्प्यूटेशनल विश्लेषण (computational analyses) और विभिन्न अंतःविषय उपायों का उपयोग करके इसका अध्ययन किया। सिंधु लिपि में लगभग 64 मूल चिह्न एवं 205 से 400 तक अक्षर हैं जो सेलखड़ी की आयताकार मुहरों, तांबे की गुटिकाओं आदि पर मिलते हैं। यह लिपि चित्रात्मक थी। सैन्धव सभ्यता की कला में मुहरों का अपना विशिष्ट स्थान था। सिंधु घाटी से प्राप्‍त मुहरों का उपयोग कहां पर किया जाता था यह कहना कठिन है किंतु कुछ साक्ष्‍यों से अनुमान लगाया जाता है कि इन्‍हें व्‍यापार के लेन-देन का रिकॉर्ड रखने और उसे नियंत्रित करने के लिए किया जाता होगा। इसलिए अनुमान लगाया जाता है कि सिंधु लिपि का उपयोग प्रशासनिक कार्यों हेतु किया जाता था। सिंधु लिपि का उपयोग काल्‍पनिक कहानियों के संदर्भ में भी किया गया था: इस लिपि के चित्रों में मिथकों या कहानियों से संबंधित दृश्य शामिल थे, जहां लिपि को मनुष्यों, जानवरों और / या काल्पनिक जीवों की छवियों के साथ जोड़ा गया था जो सक्रिय आकृति में चित्रित किए गए थे। यह उपयोग धार्मिक, विवादास्पद और साहित्यिक उपयोग से मिलता जुलता है जो अन्य लेखन प्रणालियों में अत्‍यंत प्रचलित है। शोधकर्ताओं का मानना है कि सिंधु लिपि सामान्‍यत: ताड़ के पत्ते जैसी पाण्‍डुलिपियों में लिखी जाती थी जो अब नष्‍ट हो गए हैं। हालाँकि सिंधु लिपि को पढ़ना अभी तक संभव नहीं हो पाया है, लेकिन जिन विद्वानों ने इसका अध्ययन किया है उनमें से अधिकांश इस बात पर सहमत हैं: सिंधु लिपि आम तौर पर दाएं से बाएं लिखी जाती थी। लेकिन कुछ अपवाद हैं जहां लेखन द्विदिश माना गया है, जिसका अर्थ है कि लेखन की दिशा एक पंक्ति में एक दिशा में है तो अगली पंक्ति में उसकी विपरीत दिशा में है। कुछ संख्यात्मक मूल्यों की पहचान की गई है। एक एकल इकाई को नीचे की ओर स्ट्रोक (stroke) द्वारा दर्शाया गया है, जबकि अक्सर इकाइयों के लिए अर्धवृत्त का उपयोग किया गया है।
सिंधु लिपि में शब्द और चिह्न दोनों को ध्वन्यात्मक मूल्य के साथ जोड़ा गया है। इस प्रकार की लेखन प्रणाली को "लोगो-सिलेबिक" (logo-syllabic) के रूप में जाना जाता है, जहां कुछ प्रतीक विचारों या शब्दों को व्यक्त करते हैं जबकि अन्य ध्वनियों का प्रतिनिधित्व करते हैं। यह दृष्टिकोण इस तथ्य पर आधारित है कि लगभग 400 संकेतों की पहचान की गई है, जिससे यह संभावना नहीं है कि सिंधु लिपि पूरी तरह से ध्वन्यात्मक थी। हालाँकि, यह परिकल्पना कि सैकड़ों संकेतों को घटाकर सिर्फ 39 किया जा सकता है, तो इसका मतलब है कि सिंधु लिपि पूरी तरह से ध्वन्यात्मक हो सकती है। 1800 ईसा पूर्व तक, सिंधु घाटी सभ्यता का पतन शुरू हो गया था। चूंकि सिंधु घाटी सभ्यता का पतन हो रहा था, इसके साथ ही सिंधु लिपि का भी पतन शुरू हो गया। आगे चलकर भारत में वैदिक संस्कृति की शुरूआत हुयी जो आने वाले शताब्दियों तक उत्तर भारत में फैली, उसमें लेखन प्रणाली नहीं थी, न ही उन्होंने सिंधु लिपि को अपनाया था। वास्तव में, भारत को लेखन कला के पुर्नजागरण के लिए 1,000 से अधिक वर्षों तक इंतजार करना पड़ा।