जौनपुर की ऐतिहासिकता की शान वहाँ मौजूद मस्जिद में दिखाई देने वाली प्रभावशाली मेहराब के साथ अग्रभाग दीवार पर केंद्रीय स्तंभ एक विशेष विशेषता है। एक निश्चयक सिद्धांत है कि इन्हें दिल्ली के बागपुर मस्जिद के प्रभाव से बनाया गया था। विभिन्न पहलुओं में जैसे कि बिछिया, झुकी हुई दीवारें, बीम और स्तंभों का रूप और संरचना इत्यादि, यह मस्जिदों, मकबरों और तुगलक वंश के सुल्तान मुहम्मद शाह और फिरोज शाह के अधीन दिल्ली में निर्मित अन्य इमारतों की समानता को दर्शाता है।

इसके अलावा, यह ध्यान देने वाली बात है कि इन मस्जिदों के निर्माण में दिल्ली के कई हिंदू और मुस्लिम कामगार शामिल थे। हालांकि, जौनपुर की इमारतों में न केवल दिल्ली का प्रभाव है, बल्कि जैसा कि अन्य क्षेत्रों में देखा जा सकता है, वे गंगा नदी के मध्य तक के साथ-साथ वास्तुकला और शिल्प की एक मजबूत परंपरा का पालन करते हैं। वहीं जौनपुर के मस्जिदों में देखे जाने वाली कई वास्तुकला और शिल्प दिल्ली के मस्जिदों से उत्कृष्ट हैं।

जैसा कि अटाला मस्जिद के मामले में, अटाला मस्जिद की अनूठी विशेषताओं का अपना ही एक महत्व है। उदाहरण के लिए, मुख्य प्रार्थना कक्ष में प्रभावशाली स्तंभ, विभिन्न आकारों में तीन गुंबद, पश्चिम दिशा में पीछे की दीवार की संरचना और शैली, मुख्य प्रार्थना कक्ष की अन्य सजावट, मिहराब और अन्य सजावट, एक ऐसा स्थान जो ज़नाना और दो-शिथिल गलियारों की तरह लगता है।

मस्जिदों में दिखाए देने वाला मिहराब एक मस्जिद की दीवार में अर्धवृत्ताकार झरोखा है जो कि क़िबला (जिस दीवार में मिहराब दिखाई देती है, वह "क़िबला दीवार" है) को इंगित करता है, अर्थात्, मक्का में काबा की दिशा और इसलिए प्रार्थना करते समय मुस्लिमों को इस की तरफ मुंह करना चाहिए। वहीं मिहराब को मिम्बर से भ्रमित नहीं किया जाना चाहिए, जो उठाया मंच है जो इमाम मंडली को संबोधित करता है। मिहरब मिनीबार के बाईं ओर स्थित है।

मिहराब शब्द का मूल रूप से एक गैर-धार्मिक अर्थ था और बस एक घर में एक विशेष कमरे को दर्शाता था, जैसे कि महल में एक सिंहासन कक्ष। इस शब्द का इस्तेमाल बाद में इस्लामिक पैगंबर मुहम्मद ने अपने निजी प्रार्थना कक्ष को निरूपित करने के लिए किया था। कमरा अतिरिक्त रूप से आसन्न मस्जिद तक पहुंच प्रदान करता था और पैगंबर इस कमरे के माध्यम से मस्जिद में प्रवेश करते थे। वहीं उथमन इब्न अफान के शासन के दौरान, खलीफा ने मदीना में मस्जिद की दीवार पर एक संकेत लगाने का आदेश दिया ताकि तीर्थयात्री आसानी से उस दिशा में प्रार्थना कर सकें जो मदीना को संबोधित करती है। हालांकि संकेत दीवार पर सिर्फ एक संकेत लिखा हुआ था और संपूर्ण दीवार पूरी सपाट बनी हुई थी।

मिहराब वैसे इस्लामी संस्कृति और मस्जिदों का एक प्रासंगिक हिस्सा हैं। चूंकि वे प्रार्थना के लिए दिशा का संकेत देने के लिए उपयोग किए जाते हैं, इसलिए वे मस्जिद में एक महत्वपूर्ण केंद्र बिंदु के रूप में कार्य करते हैं। वे आमतौर पर सजावटी विस्तार से सजाए जाते हैं जो ज्यामितीय डिजाइन, रैखिक पैटर्न या सुलेख हो सकते हैं। यह अलंकरण धार्मिक उद्देश्य की पूर्ति भी करता है। मिहराब पर सुलेख सजावट आमतौर पर कुरान से हैं और भगवान के भक्ति के रूप में हैं ताकि भगवान के शब्द लोगों तक पहुंचाए जा सके। मिहराब के बीच के सामान्य डिजाइन ज्यामितीय पत्ते हैं जो एक साथ काफी करीब बनाए जाते हैं ताकि कला के बीच में खाली जगह न रह सकें।

वर्तमान समय में मिहराब आकार में भिन्न होते हैं, इन्हें आमतौर पर सजावटी रूप से सजाया जाता है और अक्सर एक धनुषाकार द्वार या मक्का के लिए एक मार्ग की छाप देने के लिए डिज़ाइन किया जाता है। वहीं कई मामलों में, मिहराब क़िबला की दिशा का पालन नहीं करते हैं। एक उदाहरण स्पेन के कोर्डोबा का मेज़क्विटा है जो दक्षिण-पूर्व के बजाय दक्षिण की ओर संकेत करता है। दूसरा मस्जिद अल-काइलायतन, या दो क़िबलों की मस्जिद है। यहीं पर पैगंबर मुहम्मद ने जेरूसलम से मक्का की ओर क़िबला की दिशा बदलने का आदेश दिया गया था, इस प्रकार इस मस्जिद में दो किबालें मौजूद थे। वहीं 21 वीं शताब्दी में मस्जिद का जीर्णोद्धार किया गया और जेरूसलम की ओर संकेत देने वाले पुराने प्रार्थना स्थान को हटा दिया गया और मक्का की ओर संकेत करने वाले किबला को वहीं बने रहने दिया।